هنگام استفاده از هد پمپ لوسیون باید به مشکلات ضدعفونی نیز توجه کرد. در زیر چند روش ضد عفونی برای سر پمپ های لوسیون آورده شده است:
1. از گاز یا گلوله های پنبه ای آغشته به الکل طبی برای پاک کردن داخل و خارج سر پمپ استفاده کنید.
2. سر پمپ را به مدت 10 دقیقه در آبی که در آب زیر جوش یا مایکروفر جوشانده شده و یک شبه خنک شده است خیس کنید.
3. از مواد ضدعفونی کننده مخصوص لوازم آرایشی برای ضدعفونی استفاده کنید، به مطالعه دستورالعمل های ضدعفونی کننده توجه کنید.